Jejím úkolem je zabezpečovat naplňování zákona č. 185/2001 Sb., o odpadech a o změně některých zákonů, a zákona č. 86/2002 Sb., o ochraně ovzduší a o změně některých dalších zákonů (zákon o ochraně ovzduší).
Řeší žádosti o povolení nakládání s nebezpečnými odpady, o vyjádření k podnikání v oblasti nakládání s odpady pro potřeby živnostenského úřadu, ke zřízení zařízení k odstraňování odpadů, o vyjádření k územnímu a stavebnímu řízení z hlediska nakládání s odpady nebo k připravovaným změnám výrobního procesu nebo výroby, které mají vliv na nakládání s odpady.
Dále vede a zpracovává evidenci odpadů a způsobů nakládání s nimi a evidenci zařízení k nakládání s odpady (skládky, kompostárny, spalovny apod.), shromažďovacích míst nebezpečných odpadů a sběrových míst odpadů a skladů odpadů.
Jejím úkolem je zpracovávání evidence jí vydaných souhlasů a dalších rozhodnutí podle zákona o odpadech a na požádání podává informace veřejnosti a žadatelům o sídle zařízení vhodných k odstranění nebo využití jimi vyprodukovaného odpadu.
V oblasti ochrany ovzduší vede evidenci středních zdrojů znečištění a na základě každoročních hlášení provozovatelů těchto zdrojů stanovuje poplatky za znečišťování ovzduší. Dále zpracovává provozní evidenci a oznámení těchto zdrojů a ověřuje jednotlivé údaje poskytnuté provozovateli.
