Vykonává státní správu v oblasti ochrany vod. Řídí se přitom zákonem č. 254/2001 Sb., o vodách a o změně některých zákonů (vodní zákon), č. 274/2001 Sb., o vodovodech a kanalizacích pro veřejnou potřebu a o změně některých zákonů, a č. 183/2006 Sb., o územním plánování a stavebním řádu, ve znění pozdějších předpisů (stavební zákon). Ke své práci dále využívá vyhlášky a nařízení Ministerstva životního prostředí, Ministerstva zemědělství a příslušné České státní normy.
Jako tzv. vodoprávní úřad stavebně povoluje a kolauduje vodní díla (např. vodovody, kanalizace, studny, čistírny odpadních vod, rybníky, suché poldry apod.), uděluje povolení k nakládání s povrchovými a podzemními vodami (např. k odběru vod, k jejich akumulaci, k jejich energetickému využití, k vypouštění odpadních vod do vod povrchových či podzemních apod.) a vydává souhlas ke stavbám, zařízením a různým činnostem, na které není třeba povolení, ale které mohou nějakým způsobem ovlivnit vodní poměry (např. stavby na pozemcích, jimiž protékají vodní toky, nebo na pozemcích sousedících, stavby potrubí a stavby pro skladování látek v podzemí - čerpací stanice, těžba či stavby v záplavových územích, stavby v ochranných pásmech vodních toků apod.). Na základě žádosti vydává odborné vyjádření k různým záměrům (stavbám, zařízením či činnostem) o tom, zda jsou tyto záměry, které by mohly ovlivnit vodní poměry, jakost nebo množství povrchových nebo podzemních vod, z hlediska ochrany vod proveditelné a za jakých podmínek. Dále vydává povolení k některým dalším činnostem, jako jsou například vysazování stromů nebo keřů v záplavových územích v rozsahu ovlivňujícím odtokové poměry, k těžbě písku, štěrku, bahna s výjimkou bahna k léčivým účelům, valounů apod. (říční materiál) z pozemků, na nichž leží koryto vodního toku, apod.
Rozhoduje v pochybnostech o vodních tocích a úzce spolupracuje se správci vodních toků, správci povodí a vlastníky pozemků, na nichž se koryta vodních toků nacházejí při jejich ochraně a úpravách.
Zajišťuje vodoprávní dozor nad vodními díly a povinnostmi vlastníků těchto vodních děl. V rámci schvalovacího řízení se dále schvalují kanalizační řády, manipulační řády a provozní řády jednotlivých provozů či vodních děl.
Zajišťuje ochranu před povodněmi, kontroluje dodržování omezení v záplavových územích a v území určených k rozlivům.
Schvaluje povodňové plány jednotlivých obcí a ostatních, kteří podléhají nutnosti zpracování těchto plánů.
Řeší sankce podnikajícím fyzickým nebo právnickým osobám při nedodržení ustanovení Vodního zákona.
Řeší přestupky s fyzickými osobami na úseku vodního hospodářství dle zákona č. 200/1990 Sb., o přestupcích, ve znění pozdějších předpisů.
Jako zvláštní havarijní orgán zajišťuje 24 hodinovou pohotovost pro povodně a ekologické havárie ve správním obvodu obce s rozšířenou působnistí Podbořany.
