Vykonává státní správu v oblasti ochrany vod. Řídí se přitom zákonem č. 254/2001 Sb., o vodách a o změně některých zákonů (vodní zákon), č. 274/2001 Sb., o vodovodech a kanalizacích pro veřejnou potřebu a o změně některých zákonů, a zákonem č. 283/2021, stavební zákon, v platném znění. Ke své práci dále využívá vyhlášky a nařízení ministerstev a příslušné České státní normy.
Jako tzv. vodoprávní úřad stavebně povoluje a kolauduje vodní díla (např. vodovody, kanalizace, studny, čistírny odpadních vod, rybníky, suché poldry apod.), uděluje povolení k nakládání s povrchovými a podzemními vodami (např. k odběru vod, k jejich akumulaci, k jejich energetickému využití, k vypouštění odpadních vod do vod povrchových či podzemních apod.) a vydává souhlas ke stavbám, zařízením a různým činnostem, na které není třeba povolení, ale které mohou nějakým způsobem ovlivnit vodní poměry (např. stavby na pozemcích, jimiž protékají vodní toky, nebo na pozemcích sousedících, stavby potrubí a stavby pro skladování látek v podzemí - čerpací stanice, těžba či stavby v záplavových územích, stavby v ochranných pásmech vodních toků apod.). Na základě žádosti vydává odborné vyjádření k různým záměrům (stavbám, zařízením či činnostem) o tom, zda jsou tyto záměry, které by mohly ovlivnit vodní poměry, jakost nebo množství povrchových nebo podzemních vod, z hlediska ochrany vod proveditelné a za jakých podmínek. Dále vydává povolení k některým dalším činnostem, jako jsou například vysazování stromů nebo keřů v záplavových územích v rozsahu ovlivňujícím odtokové poměry, k těžbě písku, štěrku, bahna s výjimkou bahna k léčivým účelům, valounů apod. (říční materiál) z pozemků, na nichž leží koryto vodního toku, apod.
Rozhoduje v pochybnostech o vodních tocích a úzce spolupracuje se správci vodních toků, správci povodí a vlastníky pozemků, na nichž se koryta vodních toků nacházejí při jejich ochraně a úpravách.
Zajišťuje vodoprávní dozor nad vodními díly a povinnostmi vlastníků těchto vodních děl. V rámci schvalovacího řízení se dále schvalují kanalizační řády, manipulační řády a provozní řády jednotlivých provozů či vodních děl.
Zajišťuje ochranu před povodněmi, kontroluje dodržování omezení v záplavových územích a v území určených k rozlivům.
Schvaluje povodňové plány jednotlivých obcí a ostatních, kteří podléhají nutnosti zpracování těchto plánů.
Řeší sankce podnikajícím fyzickým nebo právnickým osobám při nedodržení ustanovení vodního zákona.
Řeší přestupky na úseku vodního hospodářství.
Jako zvláštní havarijní orgán zajišťuje pohotovost pro povodně a ekologické havárie ve správním obvodu obce s rozšířenou působností Podbořany.