V názvu obce je uložena informace o vlastníkovi Kněžic v době jejich vzniku. Staročeské "kněz" ale znamenalo jak knížete, tak kněze; z dostupných materiálů nelze stanovit, zda byl zakladatelem obce panovník nebo některý z blízkých klášterů.

Prvně jsou Kněžice v písemných pramenech uvedeny v roce 1295, kdy zde sídlil vladyka Bohuslav z Kněžic. Tento šlechtický rod, který se psal podle obce, sídlil na zdejší tvrzi až do husitských válek. Pak se Kněžice dostaly do majetku Sekerků ze Sedčic. Po jejich vymření přešly jako odúmrť na panovníka. Vladislav Jagellonský je posléze roku 1474 prodal karlštejnskému purkrabímu a nejvyššímu mincmistrovi Benešovi Krabici z Veitmile. V 16. století se majitelé střídali (Pětipesští z Chýš, Štampachové). Protože to byli většinou luteráni, osazovali v letech 1584 - 1624 zdejší faru nekatolickými kněžími. Po Bílé hoře panství koupil císařský generál František de Courier. Roku 1652 byly Kněžice připojeny k panství Mory, kde zůstaly až do roku 1850. Berní rula z roku 1654 zde uvádí tři sedláky a deset chalupníků. Kryštof Kuchař měl krčmu, Jiří Šmalkus byl švec. Podle jmen se zdá, že třetinu obyvatel ještě tvořili Češi.
Věžovitá tvrz, uváděná ještě při konfiskaci roku 1623, zanikla za třicetileté války. Stávala poblíž hospodářského dvora. Zdejší gotický kostel sv. Kateřiny je jako farní připomínán roku 1384, je však ve zdivu nepochybně starší. Nejméně z barokního období pochází i farní budova. Škola v Kněžicích byla založena ve 2. polovině 17. století a jména učitelů jsou známa v nepřetržité řadě od roku 1697. Socha Krista na návsi pochází z roku 1721, barokní je i plastika nejsvětější Trojice. V roce 1826 zde byla škola, mlýn, vrchnostenský dvůr a ovčín, ve 41 domech žilo 216 obyvatel.
Za první republiky žilo v Kněžicích přes 90 % Němců. Přesto zde byla roku 1922 založena česká jednotřídní škola, která byla o dva roky později rozšířena o pobočku v Morech. Existovaly tu i dva české spolky: odbor Národní jednoty severočeské a místní osvětová komise. Nejvíce obyvatel měly Kněžice v roce 1930 - celkem 294.